为进一步激励科研人员多出高质量科技成果、为实现高水平科技自立自强作出更大贡献，《意见》提出，创新财政科研经费投入与支持方式。拓展财政科研经费投入渠道，发挥财政经费的杠杆效应和导向作用，引导企业参与，发挥金融资金作用，吸引民间资本支持科技创新创业。优化科技创新类引导基金使用，推动更多具有重大价值的科技成果转化应用。拓宽基础研究经费投入渠道，促进基础研究与需求导向良性互动。此项由财政部、科技部、人民银行、银保监会、证监会等负责落实。
《意见》提出，扩大科研项目经费管理自主权。简化预算编制，进一步精简合并预算编制科目，按设备费、业务费、劳务费三大类编制直接费用预算；下放预算调剂权，设备费预算调剂权全部下放给项目承担单位，不再由项目管理部门审批其预算调增；扩大经费包干制实施范围，在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制，不再编制项目预算，并鼓励有关部门和地方在从事基础性、前沿性、公益性研究的独立法人科研机构开展经费包干制试点。
《意见》要求，从三方面完善科研项目经费拨付机制。合理确定经费拨付计划，项目管理部门要根据不同类型科研项目特点、研究进度、资金需求等，合理制定经费拨付计划并及时拨付资金；加快经费拨付进度，财政部、项目管理部门可在部门预算批复前预拨科研经费；改进结余资金管理，项目完成任务目标并通过综合绩效评价后，结余资金留归项目承担单位使用。
此外，《意见》还围绕加大科研人员激励力度、减轻科研人员事务性负担、改进科研绩效管理和监督检查等方面提出多项措施。