依据《协议》，成渝地区双城经济圈各地方政府是开展跨区域合作财税利益分享的主体，在遵循现行财政体制和国家文件规定的基础上，对总部经济、园区共建、飞地经济、项目合作、企业迁建、招商引资异地流转等跨区域合作项目产生的税收及附加收入，项目合作各方可根据项目具体形式，选取资金、土地和基础设施建设投入、公共服务成本、招商引资成本、管理服务成本、迁入迁出企业纳税情况等因素，赋予相应权重计算分配，或由项目合作各方在客观公平、互利共赢基础上，通过谈判、协商等方式直接确定分配比例。
《协议》提出，跨区域合作产生的税收及附加收入由各合作方协商确定税收共享范围、解缴地点、解缴方式等后，鼓励采取就地分别解缴入库的方式；对经过协商无法实现就地分别解缴入库的，相关合作各方可按照协商确定的意见，通过财政年终结算办理。