新冠肺炎疫情暴发后，生态环境部提出“两个100%”要求，即医疗机构及设施环境监管和服务100%全覆盖，医疗废物、医疗废水及时有效收集转运和处理处置100%全落实。据生态环境部介绍，自1月20日以来，全国累计处置医疗废物12.3万吨。截至3月2日，武汉市前期积存的192吨医疗废物已全部清运处置完毕。通过排查累计发现三大类343个问题，已全部整改完成。目前，全国医疗废水处理处置平稳有序，均严格落实消毒措施。
在确保“两个100%”的同时，为支持企业加快复工复产，生态环境部推出了豁免部分项目环评手续办理、审慎采取停产整治措施等新政策。
生态环境部表示，将免除部分企业现场执法检查。即对与疫情防控物资生产和民生保障密切相关的，污染排放量小、吸纳就业能力强的，涉及重大工程和重点领域的管理规范、环境绩效水平高的企业，不进行现场执法检查。同时，规范行使行政处罚自由裁量权，严格依照法定权限和程序执法，审慎采取查封、扣押和限制生产、停产整治措施。对因受疫情防控直接影响，环境违法行为轻微并及时纠正且未造成环境危害后果的，可以不予处罚，督促尽快整改。对因受疫情防控直接影响而未能按期完成整改的，可以酌情延长整改期限。
但是，对偷排偷放、恶意排污、监测数据弄虚作假，以及涉疫情医疗废物、医疗废水，侵害群众健康、群众反映强烈、严重污染环境的环境违法犯罪行为，生态环境部仍将坚决依法查处。
此外，疫情暴发以来，全国生态环境系统共为1354个“三类项目”提供环评应急“豁免”服务保障，助推应急物资生产和企业复工复产，这些项目涉及总投资额约240亿元。