关于地方分担机制，《通知》指出，自2019年9月1日起，增值税留抵退税地方分担的50%部分，15%由企业所在地分担，35%由各地按增值税分享额占地方分享总额比重分担，该比重由财政部根据上年各地区实际分享增值税收入情况计算确定。具体操作时，15%部分由企业所在省份直接退付，35%部分先由企业所在地省级财政垫付，垫付少于应分担的部分由企业所在地省级财政通过调库方式按月调给中央财政，垫付多于应分担的部分由中央财政通过调库方式按月调给企业所在地省级财政。各地区省级财政部门要结合省以下财政体制及财力状况，合理确定省以下留抵退税分担机制，提高效率，切实减轻基层财政退税压力，确保留抵退税及时退付。
关于财政调库，《通知》明确，增值税留抵退税财政调库，根据地方应调库数额，分别由省级财政部门和财政部监管局发起，统一由省级国库按规定就地办理。其中：企业所在地省级财政垫付少于应分担的部分，由省级财政部门通过调库方式按月调为中央级；企业所在地省级财政垫付多于应分担的部分，由财政部监管局通过调库方式按月调为省级。地方应调库数额由财政部根据上年各地增值税分享比重、省级财政部门垫付部分及留抵退税地方分担35%部分的数额计算。