会议提出了三点深化改革举措。
一要推动相关省市加大向自贸试验区下放省级管理权限，尤其是投资审批、市场准入等权限。在自贸试验区全面实现“证照分离”。支持地方和部门聚焦市场主体期盼，提出自身范围内深层次改革事项，在自贸试验区先行试点。
二要实施好2019年版自贸试验区外商投资准入负面清单，加快调整完善相关法规。对贸易便利化创新等提出具体措施。抓紧研究在自贸区试验区进一步放宽市场准入特别是服务业开放的举措，为更高水平开放积累经验。
三要对重大改革事项建立地方和部门联合推进机制。对需要调整实施法律法规的，要抓紧按程序提请办理。完善管理体制和协同机制，增强自贸试验区改革创新的辐射带动效应。
苏宁金融研究院高级研究员付一夫对《证券日报》记者表示，虽然全球经济增速的放缓与国际形势不确定性的加强，给我国外贸造成了一定的冲击，国内经济下行压力也在日渐增大。但需要看到的是，今年上半年，“一带一路”沿线国家对我国进出口拉动作用极为明显，不仅高于全国外贸整体增速，占外贸总值的比重也在不断上升;与此同时，我国对外资的使用规模也呈现出稳定的增长态势。这表明，我国的对外贸易仍有极大潜力可挖掘。国常会部署自贸区深化改革举措，是出于主动深化对外开放、推动更高质量贸易往来的考虑，这也是推动我国经济健康可持续发展的必然举措。
上海立信会计金融学院自贸区研究院副院长肖本华在接受《证券日报》记者采访时表示，下阶段自贸区深化改革将主要围绕开放和高质量发展，针对自贸区改革过程所存在的自主权不足问题，推动省级管理权利下放，加强保障体系建设，保证改革自主权的落实。
“比如国际船舶登记制度，虽然交通部出台了相关的办法，但是不涉及国际通行的税收、监管等内容，缺乏国际竞争力”，肖本华在谈到自贸区改革过程中存在自主权不足问题时举例表示。
据《证券日报》记者了解，我国现行船舶登记的主要依据是《船舶登记条例》、《担保法》、《中外合资法》等相关法律法规，与实行开放船舶登记制度的国家及地区相比，主要存在船舶检验制度制约、税收制度制约、融资环境制约、业务流程较为繁琐等四个方面制约及问题。
在今年两会上，曾有政协委员建议在海南先行先试，探索符合我国国情的特别船舶登记制度，并在该制度框架内开展相关配套政策改革试点工作。
一位不愿署名的业内人士对《证券日报》记者表示，虽然国家赋予了自贸区很多新的权力，但国内法律法规却没有及时同步地修改修订，少数部门为避免担责，在审批上不愿主动配合，很多政策落地效果不足，导致后期“大门敞开，小门不开”问题。
付一夫表示，自贸试验区的法治建设是下一步改革的重要领域。营造一个国际化、法治化且公平公正的营商环境，有助于自贸试验区加速吸引外资涌入，并汇集全球范围内的高端资源，加快新旧动能转换、推动经济转型与新兴产业升级以及打造现代服务业高地。